甘蔗种质创新主要通过有性杂交或基因工程技术向甘蔗导入野生种质或外源基因来达到创制新种质的目的。种质创新包括材料创新和方法创新两个方面。甘蔗种质杂交创新主要包括：

　　①高产、高糖的高贵种受体亲本同抗逆性强的野生种之间的基础性杂交，产生具有优良特异材料或育种中间材料；

　　②通过适当的遗传交配设计，从优良中间材料的高度变异的F1群体中，应用配合力和遗传力分析，评价出具有商业利用价值的商品性杂交，从而产生优良亲本材料或育种中间材料；

　　③利用基因工程技术把外源目的基因应用基因枪或农杆菌两种渠道转化某些甘蔗良种，使之表达外源目的基因特性的转基因甘蔗。