琼结，藏语意为“房角悬起多层”。

第八代藏王辞世后被葬在青域，建起第一座藏王墓。

从第九代到第十五代赞普时期，先后在琼结青瓦山上修建了6座王宫。

到6世纪末，在琼结建立了匹播城，这是西藏最早的城堡。

吐蕃王朝时期，琼结属于约茹青哇青域区的青隆千户所。

公元1268年，萨迦地方政权在琼结县的唐布其乡一带设万户府。

14世纪中叶，帕莫竹巴地方政权在琼结建宗。西藏噶厦政府时期，琼结为一大宗，属于山南基巧管辖。

1957年琼结宗改为琼结县。

1959年6月设立琼结县。隶属山南专区管辖。县府驻琼结雪。

1960年隶属山南专区管辖。

2016年2月，山南撤地设市，此县属于山南市。