西港区旧时因是潟湖的内港，故称为港仔。至于西港之名为西港仔之简化，得名有两说：

因位居当时农产品交流中心麻豆的西边。

在佳里区之南，曾文溪北岸，因在“直加弄港”（今安定区）之西。

清代中叶后台江陆化，西港遂不再靠海；1920年行政区改制，设西港庄，属台南州北门郡。

1948年改称西港乡。2010年12月25日改称西港区。

“西港仔港”在明郑时期属天兴州“永定里”，清领之后改称“安定里”，隶属诸罗市，康熙六十年（1721）前后分设“安定东保”和“安定西保”，迨“朱一贵事件”时，因地方民番助战有功而兴建向忠亭，“安定东保”乃改称“向忠里”。并设有碑文纪念，现存放于西港玉敕庆安宫庙旁。