皇城（又名斡尔朵、皇城滩），元朝永昌王曾建避署宫于此，故名皇城。清朝末期到民国时期系蒙古、回、藏族聚居区。

1929年设甘肃省畜牧公司。

1949年划归青海省门源县辖，解放后，设皇城乡人民政府，仍属青海省辖。

1959年甘青边界调整时划归肃南县管辖，大河、康乐、马蹄、八字墩、友爱等地的部分裕固族牧民搬迁至此，分别成立了皇城人民公社（肃南县辖）和皇城农牧场（归张掖专区）。

1962年人民公社改制皇城区（皇城农牧场撤销）。

1967年易名为红卫区。

1970年恢复原称。

1971年10月划归永昌县辖。

1972年复归肃南县，皇城区公署下辖马营、北滩、东滩、泱翔、铧尖五乡。2004年12月，随着全县行政区划的调整，皇城撤区并乡后，成立了皇城镇。