梧州市万秀区有2100多年的历史，汉元鼎六年（公元前111年）起，万秀区域即为梧州城廓，是历代郡

、州、府、道、县治所在地。

清光绪二十三年（1897年），梧州辟为通商口岸。

1951年11月，设立河道办事处。

1953年5月，撤镇设立第一、第二区和水上区人民政府。

1955年8月，撤销城区政府，改设城中、城北、和平、大河、抚河（桂江）、下关、红楼、石鼓、南堤9个办事处。

1958年9月，撤销办事处，建立城南、城北和水上3个区公所。

1960年4月，又分别改称为白云、万寿和鸳江3个人民公社。

1990年8月，撤销白云区，并入万秀区。至此，万秀区管辖范围包括桂江东面、西江北面的全部城区。2003年2月，调整梧州市市辖区划，万秀区增辖苍梧县旺甫镇和郊区城东镇2镇，划出塘源社区归蝶山区管辖。

2013年撤销梧州市蝶山区、万秀区，设立新的梧州市万秀区。