夏商周时期，雁山是“百越”人的居住地。秦始皇置桂林，象，南海三郡，汉元鼎六年（公元前111年），在这里设始安县，隶属荆州零陵郡。

东汉时改属始安侯国。

三国时先属蜀，后归吴。甘露元年（265年），置始安郡始安县。

隋唐时属岭南桂州总管府。

唐武德四年属桂州始安郡。光化三年（900年）始，属静江节度。

五代十国时先后属楚和南汉的桂州。

宋时，前属广南西路桂州，后属静江府。

元时属广西行中书省静江路。

明清时均属广西省桂林府。

民国二年（1913年）雁山区划入桂林县。

民国29年（1940年）为桂林市太沙、柘木、东附廓、西南附廓、三合、北附廓6乡。

1950年设东郊、西郊、北郊3区。

1954年3区合并为近郊区。

1955年更名郊区。

1984年重设郊区。

1996年底行政区划调整前，原桂林市郊区位于城区四周。

1996年12月2日，经国务院批准：将桂林市郊区更名为雁山区，并对桂林市市辖区的行政区划作相应调整。将原郊区大河乡、穿山乡的清风村划归叠彩区管辖。将原郊区甲山乡划归秀峰区管辖。将原郊区的二塘乡、柘木镇的同心、平山两个村和穿山乡的安新村划归象山区管辖。