公诉批捕分离弊端有：检察机关失去监督、容易导致错案、不能保证案件办案质量、弱化了侦查的职能等，对于捕诉分离的体制在一定程度上是存在问题的，需要由公安机关与检查机关来进行协商处理。

一、公诉批捕分离弊端有哪些?

(一)人民检察院内部失去监督。人民检察院之所以设立侦查监督和公诉两个职能部门，是因为这两个部门的职能分别处于不同的诉讼阶段，二者之间可以相互监督、相互制约。一方面，公诉部门通过审查起诉，可以纠正哪些依法不构成犯罪或证据不足依法不应当批准逮捕而却被侦查监督部门批准逮捕的案件。另一方面，侦查监督部门可以监督公诉部门对其依法批准逮捕且依法应当起诉而公诉部门因徇私舞弊不起诉的那些案件。而实行“捕诉合一”后，这种有效的内部监督制约机制已荡然无存。

(二)容易导致错案的发生。“捕诉合一”后，由于实行“谁批捕谁起诉”的办案原则，这样如果一个案件在批捕阶段出错后，就会在起诉阶段继续出错——即“一杆子错到底”，从而导致错案的发生。而在“捕诉分离”的情况下，批捕阶段出错的案件，可以在起诉阶段加以纠正。

(三)不利于保证案件质量。承办案件的主诉检察官往往认为，通过审查批捕，自己已经详细掌握了全案的事实和证据，因此在起诉阶段就不再认真去审阅案卷，甚至根本就不再阅卷，就直接按照批捕阶段认定的事实和证据提起公诉，这样就会遗漏那些公安机关在批捕之后从新侦查取得的新证据以及认定的新事实，从而影响所起诉案件的质量。

(四)弱化了侦查监督职能。人民检察院侦查监督部门除了有审查逮捕的职能外，还具有“立案监督”职能和“侦查监督”职能。实行“捕诉合一”后，要求办案人员不仅要履行审查批捕职能和审查起诉职能，而且要履行立案监督职能和侦查监督职能。而我们办案人员的时间、精力、能力都是有限的，在案件数量逐年呈上升趋势的情况下，一人同时要履行好“四职”可能吗?

从目前的司法实践来看，实行“捕诉合一”往往导致“重批捕起诉”、“轻立案侦查监督”，这样就会使公安机关在立案、侦查过程中存在的一些违法行为失去有效的监督。

以上就是批捕与公诉分享的相关问题以及情况，我国实际捕诉分离的原因在于由不同的司法机关对犯罪案件进行认定，进一步提升办案过程中的法律适用正确性，避免发生认定错误的情况，但存在上述问题的，需要结合实际来进行解决和处理。