1、农业防治：选用抗病品种；适当调节播种期，尽可能使玉米孕穗至抽穗期不要与雨季相遇；发病后注意开沟排水，防止湿气滞留，可减轻受害程度。尽量避免造成伤口，注意防止鸟害。玉米生长后期正值雨季，高湿的田间小气候有利于穗粒腐病的扩展，在玉米大喇叭口期可结合药剂灌心拔除病株、可疑株。玉米吐丝授粉期至玉米乳熟期继续拔除病株，彻底扫残，并将病株深埋、烧毁，不要在田间随意丢放。在玉米生长后期实行人工剥苞叶晒子粒措施，能有效控制田间病情的扩展，注意不要扭断果穗穗柄，以免影响子粒灌浆。适度密植，不用病株喂牛，防止粪肥带菌；清洁田园，处理田间病株残体等；同时秋季深翻土地，减少病菌来源；实行轮作，与小麦、谷子、大豆等作物实行3年以上轮作；施用不带菌肥料，减少土壤病菌。

　　2、药剂防治：（1）对玉米丝核菌穗腐病、玉米粉红聚端孢穗腐病，向穗部喷药，常用药剂有50%甲基托布津可湿性粉剂600倍液，50%多菌灵悬浮剂700-800倍液，50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液，40%农利灵可湿性粉剂1000倍液。

　　（2）玉米青霉穗腐病：70%甲基托布津超微可湿性粉剂1000倍液，50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液，40%多菌灵胶悬剂600倍液，50%甲基托布津可湿性粉剂500-1000倍液，45%特克多悬浮剂3000-4000倍液，对青霉病防效显著。

　　（3）玉米小斑病T小种穗腐病用75%百菌清可湿性粉剂800倍液，70%甲基托布津可湿性粉剂600倍液，25%苯菌灵乳油800倍液，50%多菌灵可湿性粉剂600倍液，每隔7-10天用药1次。连防2-3次。