土壤中的微量元素有四种存在形态：

　　①土壤中矿物态的微量元素，含于土壤原生矿物和次生矿物的晶格中，作物不能吸收，只有经过很长时间的风化过程，才可能转化为可吸收的状态。

　　②土壤有机物质中所含的微量元素，在有机质的矿质化作用中可以分解释放出来，分解之前作物也不能吸收。

　　③以离子状态吸附在土壤胶体表面的交换性微量元素，能与土壤溶液中的离子进行交换，作物可以吸收利用。

　　④水溶性的微量元素，存在于土壤溶液中，最易被作物吸收利用。

　　土壤中缺乏某些微量元素，通常并不是因为土壤中这些微量元素的总量不足，而是因为它们的有效性低。不同形态微量元素的有效性相差很大，但它们之间也是可以相互转化的。

　　影响这种转化的主要因素是土壤的酸碱度，其次是土壤的通气性和有机质含量等。当pH值较高时，水溶性和交换性的硼、锰、锌、铁都会不同程度地转化，固定成难溶的各种次生矿物，降低有效性。所以，在石灰性土壤中，可能容易缺乏这些微量元素。然而，在微酸性至中性的土壤中，这些微量元素的有效性却会比较高。但如土壤的pH值过低，铁、锰化合物的溶解度就会增大，有时会导致可溶性铁、锰过多，并可能产生对作物的毒害。

　　在酸性土壤中，钼易与铁、铝、锰等的氧化物作用，固定成难溶的含钼矿物，因而导致作物可能缺钼，如果在酸性土壤上增施石灰，则能提高钼的有效性。

　　铜的有效性，也因土壤pH值的增加而降低。但主要的缺铜土壤是泥炭土和洳泽土。因为铜能与腐殖质结合形成稳定的化合物，失去有效性。

　　此外，土壤的氧化还原状况对锰的有效性也有明显影响。当土壤的氧化性能增强时，尤其在pH值较高的情况下，水溶性和交换性锰，就被氧化成难溶的矿物态锰。

　　微量元素肥料主要有两大类：一类是含微量元素的各种矿渣或工业废渣，如含锰矿渣、含铜矿渣、钼渣等，它们所含的微量元素不溶于水，而且含量不稳定，一般用作基肥或种肥。另一类微量元素肥料，是化学工业制造的，主要是含微量元素的各种盐类，它们都易溶于水，也是最常用的微量元素肥料。

　　由于微量元素容易被土壤固定，所以用作基肥或种肥时，效果较小，一般都用于根外喷施或浸种。