专用生物肥所用生产菌种（有效微生物）全部是从目标植物根际分离筛选的植物根际促生细菌（PGPR），包括产生植物激素、氨基酸、有机酸、胞外多糖等的PGPR，产生抗生素、抗菌蛋白、铁载体的PGPR，诱导植物产生系统抗性的PGPR等。

　　不同作物专用的生物肥采用不同的植物根际促生细菌。当生物肥施入植物根际后，其所含植物根际促生细菌（PGPR）在目标植物的根际有很好的适应性、长时间地定植下来、大量生长繁殖、竞争病原菌生存空间。