萨迦，藏语意为“灰白土”。

公元11世纪，昆·贡觉杰布为传授佛教新密，在仲曲河北岸山坡上建寺，故名“萨迦”。

公元13世纪，元朝在此建立起萨迦地方政权，统治西藏近百年。

公元14世纪以后，萨迦地方政权丧失了统治西藏的权力，但仍有领地，割据一方，萨迦法王世袭相传至1959年。

1951年后萨迦地方政府已开始在政治上接受噶厦政府领导。

1956年，日喀则分工委萨迦工作组和萨迦地方政府联合组成萨迦宗办事处。

1960年1月7日合并萨迦宗、色仁则宗成立萨迦县人民政府。隶属日喀则地区管辖。