石婆店镇在清初，曾是荆山县城所在地，历史悠久；在土地革命时期，这里是红四方面军的活动地；解放战争时期，这里又是大别山根据地的重要组成部分；1992年实行撤区并乡，将原有的石婆店镇、骆家庵和黄涧河三乡合并，成立新的石婆店乡；1998年5月实行乡改镇制，建立石婆店镇。