民国时置瞿昙镇、亲仁乡，1950年仍设瞿昙乡、亲仁乡，1958年合并为瞿昙公社，1961分设亲仁公社，1984年改瞿昙乡、亲仁乡。

1997年，撤销瞿昙乡，改设瞿昙镇，面积182.1平方千米，人口1万人，辖16个行政村；亲仁乡面积125.8平方千米，人口1.2万人，辖20个行政村。

2006年8月11日，青海省人民政府青政函[2006]76号文批复同意海东地区乐都县撤销亲仁乡，并入瞿昙镇。