衢江区历史悠久，前身是衢县，衢县建于东汉初平三年（公元192年），时名为新安，后又相继改名为信安、西安，民国元年始称衢县。

东汉初平三年（192年），分太末县置新安县。为衢县建县之始，仍属会稽郡。

建安二十三年（21年8），析新安县置定阳县。

三国吴国宝鼎元年（226年），新安县改属东阳郡。

晋太康元年（280年），因与弘农郡新安县同名，改新安为信安，因信安溪得名，一说溪以县得名，仍隶东阳郡。

南朝宋、齐、梁三代，信安县隶属不变。

陈永定三年（559年），置信安郡，领信安、定阳2县，隶缙州。

隋大业三年（607年），太末、定阳2县并入信安，隶东阳郡。

唐咸通中（860年-874年），改信安为西安，因西溪得名，仍隶衢州。

宋、元、明、清未曾改名先后隶属浙江西道、浙江东道、衢州路、龙游府、衢州府和金衢严道。

辛亥革命后（1911年11月7日），成立衢州军政分府，兼理县事。

民国元年（1912年）二月，废府，改西安县为衢县；民国三年（1914年），实行道制，衢县属金华道，并为道尹驻地；民国五年（1916年），裁道，翌年复设，道尹仍驻衢县；民国十六年（1927年），设第一特区县政督察专员公署，驻衢县；1935年9月24日，改第五行政督察专员公署，衢县仍为公属属址；1946年，专员公署与保安司令部合并，称浙江省第五行政督察专员兼保安司令公署，驻衢县；1948年，衢县属第三行政督察专员公署，属址移金华。

1949年5月6日，衢县解放，始设军管会，后建衢州专员公署。衢州市，专属仍驻衢州，县政府迁至樟潭镇；1951年，撤销衢州市，县府迁回衢县城区，专署驻衢县；1955年3月，衢州专员公署撤销，衢县属金华专区；1958年11月，常山并入衢县；1960年1月1日，龙游县并入；1961年，复置常山县；1979年9月，恢复衢州市，县、市并存；1981年4月，撤县并入市；1983年9月13日，龙游县析出，另立县治；1984年，辖区不变。

2001年12月10日，国务院批准（国函[2001]161号）：撤销衢县，设立衢州市衢江区。将原衢县的云溪、太真、双桥、庙前、周家、灰坪、长柱、坑口、举村、岭头、洋口、横路12个乡和高家、莲花、峡川、杜泽、上方、廿里

、后溪、湖南、大洲、樟潭、安仁、全旺12个镇以及衢州市柯城区的浮石、下张2个乡和石室乡的黄坛口村划归衢江区管辖。区人民政府驻樟潭镇。

2002年，衢江区辖12个镇、14个乡，509个行政村：上方镇、杜泽镇、廿里镇、后溪镇、大洲镇、湖南镇、峡川镇、莲花镇、全旺镇、高家镇、樟潭镇、安仁镇、太真乡、云溪乡、横路乡、庙前乡、灰坪乡、长柱乡、坑口乡、岭头乡、举村乡、周家乡、洋口乡、双桥乡、浮石乡、下张乡。

2006年1月5日，衢州市政府下发《关于衢江区部分乡镇行政区划调整的批复》：撤销樟潭镇、下张乡建制，合并设立樟潭街道办事处，由衢江区人民政府直辖；撤销浮石乡建制，设立浮石街道办事处，由衢江区人民政府直辖。