三国以后，崇仁原辖地曾建立过新建县、西宁县，历经三国、西晋、东晋、南北朝和隋朝，共计332年，具体位置据《太平寰宇记》记载，“新建县在县西南九十五里”，“西宁县在县西南六十三里”；

南北朝时期建立过巴山县，具体位置据《太平寰宇记》记载，“在县西南二十一里”，历时53年。

隋朝还建过巴陵县，具体位置据《太平寰宇记》记载，“在县西南一十三里”，历时5年。

历史上崇仁这块地域，还曾建置过巴山郡。

隋开皇九年（公元589年）开始，置崇仁县。自此开始，一直隶属抚州。

元属抚州路，明、清隶属抚州府，1949年隶属抚州专区。

1970年隶属抚州地区，1984年5月31日，桃源公社分设桃源乡、张坊乡；相山公社分设相山乡、山斜乡、港下乡。

1985年3月15日，撤销相山乡，设置相山镇。

1993年1月3日，撤销航埠乡、礼被乡、孙坊乡、河上乡，设立航埠镇、礼被镇、孙坊镇、河上镇。2001年撤地设市，隶属地级抚州市。