敖其镇名源于驻地敖其村名。“敖其”，赫哲语，意为“操罗子”（一种原始的捕鱼工具）。据《佳木斯市地名志》载，明万历年间（1573—1619年），赫哲族葛依克勒氏于此居住，以“操罗子”捕鱼，故得名“敖其”。清代，属三姓副都统管辖。

，划归桦川县管辖。中华民国成立后，隶属桦川县安业区。东北沦陷后期，设永安村。

1945年“九三”抗日战争胜利后，1946年设置永安区，1951年改为第八区。

1956年3月，撤区划乡，设置永安乡。

1957年11月，划归佳木斯市管辖，翌年9月与大来等乡合并成立跃进人民公社。

1961年8月，将跃进公社划分为大来、永安两个公社。

1962年9月，将永安公社机关移至敖其村。

1964年6月，决定划归桦川县管辖，1968年9月正式移交桦川县，1972年又划回佳木斯市郊区管辖。

1982年以驻地村名更名为敖其公社。

1984年2月，将敖其公社划分为敖其、群胜两个乡。

1985年8月，将敖其乡改设敖其镇。