吉布提市的历史并不长。19世纪50年代法国入侵吉布提，把它作为海外领地，当时称为“法属索马里”，1887年法国殖民者把总督府设在吉布提市。直到1895年，这里还是一个人口很少的小镇。19世纪末，随着吉布提—亚的斯亚贝巴铁路的修建，这里的人口逐渐增加。

1977年6月27日，吉布提通过和平方式宣布正式独立。

关于吉布提名称的由来，说法很多，其中流传最广泛的一种说法是：很早以前，有几个欧洲人登上这块土地，碰见一个老人正在用锅做饭。他们问道：“这是什么地方？”由于语言不通，老人认为是问“这是什么东西？”于是答道：“布提。”在当地的阿法尔语中“布提”就是锅的意思。这几个欧洲人没听清，又回一遍，于是老人大声说：“吉布提。”（即沸腾的锅），由此引伸出“炽热的海滨”的含义。