相传在8世纪以后，阿拉伯人移住非洲之角北部亚丁湾沿岸，索马里人、伊萨人和阿法尔人定居吉布提一带，从事游牧。阿拉伯移民多在沿海经营商业，建立市镇，传播伊斯兰教，并与当地居民通婚，形成索马里文化与阿拉伯文化混合的社会。

在殖民主义者入侵之前，吉布提境内由若干分散的苏丹王统治。1850年法国开始入侵，并于1882年取得了在吉布提的居留权。1883～1887年，法国又强迫当地苏丹签订一系列条约，逐步占领了这个地区。1888年和1900年法国先后同英国和意大利签订协定，1896年成立“法属索马里”殖民地政府。1897年同埃塞俄比亚签订协定，划定了法属索马里的边界。

1946年法国宪法规定这个地区为法国的海外领地之一，由法国派总督直接统治。二次世界大战之后，非洲各国兴起独立运动，法属索马里兰因为伊萨族和阿法尔族的对立，独立问题变的相当复杂。

1957年法国给该地以“半自治”地位。

1967年7月5日，法国议会通过决议，将该地易名为“法属阿法尔和伊萨领地”，并给予“实际上的自治”地位。在吉布提人民争取独立斗争的日益高涨下，非洲统一组织、不结盟国家会议和联合国大会都通过了让吉布提独立的决议，法国于1975年12月31日宣布同意吉布提独立。

1977年5月8日，吉布提举行全国公民投票，98.7%的选民投票赞成独立。同年5月16日，吉布提组成新内阁，非洲人民争取独立联盟主席哈桑·古莱德当选为首任总理。同年6月24日，吉布提议会又正式选举哈桑·古莱德为共和国总统。6月27日，吉布提宣告独立，正式成立吉布提共和国。艾哈迈德·迪尼被任命为总理。

1981年政府取缔了所有的反对党，只承认执政党为合法政党。

1987年4月举行总统和议会选举，古莱德蝉联总统。

1991年吉布提政局较为动荡。

1992年开放党禁，实行政党自由、新闻自由。

1994年12月26日，吉政府与叛军正式签署了和平与民族和解协议。叛军放弃武装斗争，成为合法政党，吉内战结束。