钦南区历史悠久，可追溯到新石器时代。先秦时期，属百越之地，秦始皇统一中国后，归属秦设象郡所辖。汉朝至晋朝时期，钦州属交州合浦郡，南朝末元嘉设末寿郡，这是钦州的最早建制。梁代设安州。隋开皇十八年（公元598年）易名钦州，取“钦顺之义”。

唐武德五年（公元622年）改宁越郡为钦州总管府，元改为钦州路，明初改为钦州府，民国年间改为钦县，属广东省钦廉专署所辖。

中华人民共和国成立后，广东省设钦廉行政专员公署，1951年改隶广西省，1955年复隶广东省

，曾一度合并到湛江专区。

1965年7月再隶广西壮族自治区，改为钦州地区行政专员公署，下辖上思、防城、钦州、灵山、浦北、合浦、北海七个县市。

1983年10月划出北海市。

1985年，防城港从防城县分出，成立自治区辖防城港管理区。

1987年7月划出合浦县归北海市管辖。

1994年6月28日，经国务院批准，撤销钦州地区，设立地级钦州市。

1994年6月28日由钦州市析出成立钦南区。

1997年1月，钦州港经济开发区成立并从钦南区析出。2001年，丽光华侨农场划入钦南区。2003年9月撤销钦城管理区，并归钦南区。