湖泊生态系统指湖泊水体的生态系统。属静水生态系统的一种。湖泊生态系统的水流动性小或不流动，底部沉积物较多，水温、溶解氧、二氧化碳、营养盐类等象明显；湖泊生物群落比较丰富多样，分分带明显。水生植物有挺水、漂浮、沉水植物，植物上生活各种水生昆虫及螺类等；浅水层中生活各种浮游生物及鱼类等；深水层有大量异养动物和嫌气性细菌；水体的各部分广泛分布各种微生物。各类水生生物群落之间及其与水环境之间维持着特定的物质循环和能量流动，构成一个完整的生态单元。随着由湖到陆的演变，湖泊生态系统将经历贫营养阶段、富营养阶段、水中草本阶段、低地沼泽阶段直到森林顶极群落，最终演变为陆地生态系统。不当的人类活动（如围湖造田）将加速这种演变的进程。