补充侦查两次的情况下还是有可能会提起公诉的，在公安机关第2次补充侦查的工作还没有结束之前，被第2次退回补充侦查，不代表犯罪嫌疑人是无罪的，根据刑事诉讼法的规定，经过两次补充侦查以后，在证据不足的情况下人民检察院才能作出不起诉的决定。

一、批捕后补充侦查两次还会起诉吗?

批捕后补充侦查两次还是有可能会被起诉的，要看具体案情，对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。

《中华人民共和国刑事诉讼法(修正)》 第一百四十条 人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料。

人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。

对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。

对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。

二、审查起诉的内容

《刑事诉讼法》168条 人民检察院审查案件的时候，必须查明：

(一)犯罪事实、情节是否清楚，证据是否确实、充分，犯罪性质和罪名的认定是否正确;

(二)有无遗漏罪行和其他应当追究刑事责任的人;

(三)是否属于不应追究刑事责任的;

(四)有无附带民事诉讼;

(五)侦查活动是否合法。

三、刑事诉讼法检察院审查起诉的时间是多久?

1、刑事诉讼法检察院审查起诉的时间一般是一个月，刑事诉讼法第一百六十九条规定：人民检察院对于侦查机关移送起诉的案件，应当在1个月以内作出决定，重大、复杂的案件，可以延长半个月。

2、人民检察院审查起诉的案件，改变管辖的，从改变后的人民检察院收到案件之日起计算审查起诉期限。该条对审查起诉的期限以及改变管辖后审查起诉期限的计算，都作出了明确的规定。这一规定是长期审查起诉经验的总结，是符合准确、及时办案要求的。

3、根据刑事诉讼法第一百七十一条第3款的规定：对补充侦查的案件，补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院也要重新计算审查起诉期限。

批捕后的工作不是补充侦查，补充侦查是建立在人民检察院已经开始了审查起诉的基础上。但是，补充侦查的这种状况最多就是两次了，所以，接连两次被退回要求补充侦查也确实是比较复杂的，确实有一定的可能性是当前的犯罪行为是他人实施的。