口腔是全身寄居微生物密度最高、种类最多的部位之一。口腔微生物包括细菌、真菌和病毒，其中细菌为最主要的类型。目前已分离出的常住固有菌群数十种。包括：革兰阳性球菌属如链球菌属、葡萄球菌和微球菌，大量证据表明变形链球菌可以引起龋病；革兰阴性球菌如韦永菌、奈瑟菌属；革兰阳性杆菌如乳杆菌属、放线菌属等；革兰阴性杆菌如类杆菌属、梭状杆菌属、纤毛菌属等；革兰阴性兼性厌氧杆菌如嗜血菌属、放线杆菌属、嗜碳酸噬纤维菌属、埃氏腐蚀菌等。其他微生物还包括螺旋体属、支原体、真菌、病毒、原虫等。