伤寒杆菌经口入胃到小肠，在回肠末端穿过肠粘膜、淋巴结进入血液出现菌血症。由于伤寒杆菌迅速被肝、脾、骨髓、淋巴结等巨噬细胞所吞噬，感染者可以不出现临床症状，从感染伤寒菌到出现临床症状前的这段时间，流行病学上称为潜伏期。一般最短3天，最长42天，平均14天。