巩膜炎的病因多不明确，有时不仅找不到病因，甚至连炎症的原发部位也不清楚。但可能有以下几种病因：外源性感染——细菌、真菌及病毒等；内源性感染——化脓性转移性（化脓菌）、非化脓性肉芽肿性（结核、梅毒、麻风）；结缔组织疾病的眼部表现。