树木因石化作用或完全矿化作用（完全石化作用）而变为化石。植物被掩埋在沉积层里以后，含矿地下水会把植物原有的木质组织保存下来。地下水渗透到被埋树木中，把所含矿物质积存在植物遗骸的管孔和空处。在新生代和中世代的岩层中，石化木很常见，美国亚利桑那州石化森林国家公园，石化木尤其多得很。数以千百计的树干和残枝，本来是埋在页岩里面的，经过风化的侵蚀，已经全都暴露出来。参见［完全矿化作用、完全石化作用］、［硅化木］和Rtplacement［交替作用，交代作用］等条。