自噬作用的意义是多方面的包括:酶系统的更新:处于不同的细胞周期、不同分化阶段和不同生理状态下的细胞,进行着不同的生理生化反应,需要不同的酶系统,细胞生理状态的变化要依靠酶系统的变化来实现。对于细胞质中某些暂时不需要的酶系统或代谢产物,需要通过自噬作用进行酶系统的更新。老旧细胞器的清除:细胞中的生物大分子和细胞器都有一定的寿命,为了保证细胞正常的代谢活动,必须不断地清除衰老的细胞器和生物大分子。很多生物大分子的半衰期只有几小时或几天。肝细胞中线粒体的寿命平均约10天左右。参与细胞发育发育:自噬作用在不同类型细胞中发生的频率不同。在某些发育过程中的细胞中,自噬作用特别强,因为这些细胞要不断地进行细胞器的更新,或消除。如红细胞发育成熟后,所有的细胞器都要通过自噬作用被清除。应激反应:另外在细胞饥饿条件下,自噬作用也特别强,此时的吞噬作用主要是为细胞提供能量,维持细胞的生命活动。