光系统Ⅱ含有两个捕光复合物和一个光反应中心。首先LHCⅡ中的天线色素吸收光,然后将光能从LHC传递给反应中心叶绿素P680,P680是一个二聚体。P680吸收了光能激发了一个电子,并传递给PSⅡ的原初电子受体脱镁叶绿素(Pheo),然后将电子传递给质体醌PQA.再传递给PQB,形成负电的游离PQB?-。当以同样的方式吸收第二个光子并传递第二个电子到达PQB?-后,将PQB?-转变成PQB2-,从叶绿体基质中摄取两个氢质子后,产生了PQH2,并被释放到膜的脂双层中,留下的空缺被新的PQB取代。在电子被传递时,来自水的电子经Tyrz传递到反应中心色素(步骤B和A)。

　　总的看来,PSⅡ催化电子从水传递给质体醌,并且建立了氢质子梯度,这是因为水氧化释放的氢质子进入类囊体腔,使类囊体腔中氢质子浓度升高,同时又从基质中摄取H+将PQB2-还原,降低了叶绿体基质中氢质子的浓度,从而建立了类囊体膜两侧的H+质子梯度。