酒中甲醇和杂醇油是主要的有害物质，这是众所周知的事。如甲醇可损害视神经及视网膜导致失明，杂醇油易使人头痛和大醉。酒中除含有这两种主要有害物质外，还含有：

　　·醛类。每升酒中含30毫克即可使人出现灼烧感，头晕、呕吐等，但是只要在蒸馏过程中有低温排醛的过程，就可以排除其大部分。

　　·氰化物。主要存在于使用木薯或其他果核为原料的酒中，具有剧毒，人口服50～100毫克几乎立即呼吸停止，造成骤死。在生产过程中增加排气量或采用半固体蒸馏方法，可以降低酒中氰化物的含量。

　　·铅。酒中铅主要来源于酿制过程中的设备，铅可在人体内积蓄，生物半衰期为1460天。体内蓄积到一定的量即可产生病理反应，最常见的症状是食欲不振、口有金属味、失眠、头痛、头昏、肌肉关节酸痛、腹绞痛、便秘或腹泻、贫血等。为了避免酒在生产及贮存中受铅污染，必须使用含锡量在90％以上的或其他不含铅的材料制成的生产工具和容器。如酒中铅含量高，可用生石膏沉淀法除铅。500公斤酒中加入1．5公斤生石膏搅拌均匀，静置1小时后用多层绒布、脱脂棉或石棉过滤，或将酒置于符合卫生要求的蒸馏器中重蒸馏。白酒含铅55毫克／升者，加生石膏0．3％，明矾0．03％静置3天，可使酒铅含量降至1．5毫克／升；如此再处理，直到使铅含量降至0．8毫克／升，达到卫生标准。

　　·锰。长期摄入超出身体需要的锰，可导致慢性中毒症状，如红血球增多。用糖蜜、地瓜（薯干）、大米或野生植物淀粉为酿造原料时，为了提高酒质，常以高锰酸钾为氧化剂脱臭脱色，活性炭为吸附剂处理，如方法不当则往往使酒中残留较高的锰。白酒及酒精经高锰酸钾处理后须再蒸馏进行精制以提高质量。

　　·食品添加剂。用蒸馏酒或发酵酒做为酒基，添加允许使用的添加剂、调香而得配制酒，禁止用精馏酒精和药用酒精配制。为使啤酒成品澄清透明，除滤过酵母外，还在工艺过程中加入各种稳定剂、澄清剂。滤过时用硅藻土、白陶土。也有用多孔钛滤器的。

　　·二甲基亚硝胺。亚硝胺对人体有一定的致癌性。啤酒中二甲基亚硝胺来源于直火烘干大麦芽。避免直接用火烘干大麦芽可降低其含量。由于啤酒饮用量较大，应严格限制其含量。

　　·大池涂料。一般涂料的主要成分是成膜物质，成分复杂，可不同程度地向酒中迁移，因而大池涂料是卫生评价的重点。

　　·糠醛。糠醛有麻醉作用，具有较强的毒性。摄入后产生中枢神经系统反应，如步态不稳；麻痹与抽搐，并进一步损害肝、肾、血液和骨髓。糠醛是发酵过程中产生的一种物质，在制取蒸馏酒时，如最后接受的馏液沸点过高，则会带入少量的糠醛至酒内。

　　·发酵酒的细菌污染。发酵酒由于乙醇含量较低，如在生产过程中管理不当，往往易引起其他杂菌的污染，尤其是生啤酒更容易污染，有的生产厂为提高产量缩短了发酵期，因而导致生啤酒中细菌总数及大肠菌群数很高。为了保证啤酒质量，除要求选择较好的原料，有较严格的卫生制度，注意各个环节的消毒外，后发酵期不少于40天也是必要的。

　　·其他。含黄曲霉毒素或受有毒金属污染的原料酿造蒸馏酒时，不挥发物留在槽中。而果酒、啤酒和黄酒等发酵酒是不蒸馏的，黄曲霉毒素或有害金属会保留在酒中，故酿造原料、辅料必须符合卫生标准方可使用。