一、棉籽的贮藏特性
　　棉籽种皮厚，一般在种皮表面附有短绒，导热性很差，在低温干燥条件下贮藏，寿命可达10年以上，在农作物种子中是属于长命的类型。但如果水分和温度较高，就很容易变质，生活力在几个月内完全丧失。
　　（一）耐藏性好
　　成熟后的棉籽，种皮结构致密而坚硬，外有蜡质层可防外界温、湿度的影响。种皮内含有约7．6%左右的鞣酸物质，具有一定的抗菌作用。所以，从生物学角度讲，棉籽属于长寿命种子。但是未成熟种子则种皮疏松皱缩，抵御外界温、湿度的影响能力较差，寿命也较短。
　　一般从霜前花轧出的棉籽，内容物质充实饱满，种壳坚硬，比较耐贮藏。而从霜后花轧出的棉籽，种皮柔软，内容物质松瘪，在相同条件下，水分比霜前采收的棉籽为高，生理活性也较强，因此耐藏性较差。
　　棉籽的不孕粒比例较高，据统计，中棉约占10%左右，陆地棉约占18%左右。棉籽经过轧花后机械损伤粒比较多，一般占15%～29%，特别是经过轧短绒处理后的种子，机损率有时可高达30%～40%。上述这些种子本身生理活性较强，又易受贮藏环境中各种因素的影响，不耐贮藏。
　　棉籽入库前，要进行一次检验，其安全标准为：水分不超过11%～12%，杂质不超过0.5%，发芽率应在90%以上，无霉烂粒，无病虫粒，无破损粒，霜前花籽与霜后花籽不可混在一起，后者通常不作留种用。
　　（二）通气性差
　　一般的棉籽表面着生单细胞纤维称为棉绒。轧花之后仍留在棉籽上的部分棉绒称为短绒，约占种子重量的55%左右，它的导热性较差，具有相当好的保温能力，不易受外界温、湿度的影响。如果棉籽堆内温度较低时，则能延长低温时间，相反堆内的热量也不易向外散发。短绒属于死坏物质易吸附水分子，在潮湿条件下易孽生霉菌，相对湿度在84%～90%时霉菌生长很快，放出大量热量，积累在棉籽堆内而不能散发引起发热，干燥的棉籽很容易燃烧，在贮藏期间要特别注意防火工作。
　　（三）含油分多，易酸败
　　棉籽的脂肪含量较高，约在20%左右，其中不饱和脂肪酸含量比较高，易受高温、高湿的影响使脂肪酸败。特别是霜后花中轧出的种子，更易酸败而丧失生活力。棉籽入库后的主要害虫是棉红铃虫，幼虫由田间带入，可在仓内继续蛀食棉籽，危害较大。幼虫在仓内越冬，到第2年春暖后羽化为成虫飞回田间。因此，棉籽入库前后做好防虫灭虫工作十分重要。
　　留种用的棉籽短绒上会带有病菌，可用脱短绒机或用浓硫酸将短绒除去，以消除这些病菌，并可节约仓容，来春播种时也比较方便，种子不至互相缠结，使播种落子均匀，对吸水发芽也有一定促进作用。但应注意脱去绒的棉籽在贮藏中容易发热，须加强检查和适当通风。
　　二、棉籽贮藏技术要点
　　棉籽从轧出到播种约须经过5～6个月的时间。在此期间，如果温湿度控制不适当，就会引起棉胚内部游离脂肪酸增多，呼吸旺盛，微生物大量繁殖，以致发热霉变，丧失生活力。轧花时要减少破损粒提高健籽率，以保证种子质量。除此之外，应掌握以下技术环节。
　　（一）合理堆放
　　棉籽可采用包装和散装。散装虽对仓壁压力很小，但也不宜堆得过高。
　　一般只可装满仓库容量的一半左右，最多不能超过70%，以便通风换气。堆装时必须压紧，可采用边装边踏的方法把棉籽压实，以免潮气进入堆内使短绒吸湿回潮。华中及华南地区的棉籽，堆放不宜压实。棉籽入库最好在冬季低温阶段冷籽入库，可延长低温时间。但是当堆内温度较高时，则应倒仓或低堆再插入用竹篾编成的通气篓，以利通风散热。
　　（二）严格控制水分和温度
　　我国地域广大，贮藏方式应因地制宜。华北地区冬春季温度较低，棉籽水分在12%以下，已适宜较长时间保管，贮藏方式可以用露天围囤散装堆藏；冬季气温过低，须在外围加一层保护套，以防四周及表面棉籽受冻。水分在12%～13%以上的棉籽要注意经常性的测温工作，以防发热变质。如水分超过13%以上，则必须重行晾晒，使水分降低后，才能入库。棉籽要降低水分，不宜采用人工加温机械烘干法，以免引起棉纤维燃烧。
　　华中、华南地区，温湿度较高，必须有相应的仓库设备，采用散装堆藏法。安全水分要求达到11%以下，堆放时不宜压实，仓内须有通风降温设备，在贮藏期间，保持种温不超过15摄氏度。长期贮藏的棉籽水分必须控制在10%以下。
　　（三）检查管理
　　1．温度检查在9～10月份应每天检查1次。入冬以后，水分在11%以下，每隔5～10d检查1次，12%以下则应每天检查。方法可采用每隔3m插竹管一根，管粗约为2cm，一端制成圆锥形以利插入堆内。竹管分上、中、下层，各置温度计一支，定时定点进行观测。
　　2．杀虫棉籽入库前如果发现有虫，可在轧花后进行高温曝晒，或将60摄氏度左右的热空气通过种子5min，再装袋闷2h，可将棉红铃虫杀死。也可在仓内沿壁四周堆高线以下设置凹槽，在槽内投放杀虫药剂，当越冬幼虫爬入槽内时便可将其杀死。
　　3．防火棉籽有短绒，本身含油量又高，遇到火种容易引起燃烧，而且在开始燃烧时往往不易察觉，一旦被发觉时已酿成火灾，应予充分重视。在管理上要严禁火种接近棉籽仓库，仓库周围不能堆放易燃物品。工作人员不能带打火机、火柴等物入库，更不能在库内吸烟。在库内甚至不能发生铁器碰撞现象，以免产生火花引起火灾。
　　（四）脱绒棉籽的保管
　　脱绒棉籽是指经过脱绒机械或硫酸处理过的种子。这些棉籽因经过处理，其外壳虽然未破碎，但种皮一般都受到机械磨损或腐蚀，透水性增加，比较容易受外界温、湿度的影响，不耐贮藏。在贮藏过程中容易引起发热现象。所以，对脱绒棉籽应加强管理多检查，在堆法上应采用包装通风垛或围囤低堆等通风形式更为有利。
　　三、包衣棉籽的贮藏方法
　　一般包衣后种子，不应作长期贮藏，由于用剩包衣棉籽带剧毒农药，无法转商，只能深埋处理，既浪费种子，又会污染环境。
　　根据研究，只要认真做好安全贮藏，种子发芽率和田间出苗率仍能基本保持原有水平，翌年仍能使用，既能节约种子，又增加经济效益。包衣棉籽贮藏特点和方法简介如下：
　　（1）脱绒包衣棉种易于在夏秋两季吸潮、发热、降低发芽率。因此，必须堆成通风垛，在种垛上、中、下各处均匀放置温度计，掌握温度的变化情况。高温潮湿季节须每天检测1次，棉籽温度须保持在20摄氏度以下。如有异常，迅即采取倒仓或通风降温等措施。最好放入低温库保存，确保种子安全越夏。
　　（2）脱绒包衣棉籽种皮脆、薄、机械损伤多。如压力一大往往出现种皮破裂的情况。因此，仓贮中袋装种子高度不应超过2m。
　　（3）包衣棉种带有剧毒，发出刺激性气味，仓内不应贮存其他种子。同时，应注意人身安全，以防中毒。