以驻地村赤土圩命名。解放初属浮石区赤土、爱莲两乡和蓉江区的武功乡一部分。合作化时属赤土区的赤土、爱莲、莲塘、武功四乡，有赤土、青塘、莲塘、爱莲等19个高级社。

1958年属先锋、莲塘2个公社。

1961年属赤土区赤土、莲塘、武功3个公社。

1965年莲塘、武功2公社并入赤土公社，1968年虎桥公社并入，1972年分出长塘公社。

1984年改名赤土乡，1989年撤乡设镇。

1997年，面积157平方千米，人口3.6万，辖旗山、赤土、红桃、樟树、河坝、莲塘、十里、富田、罗屋、青塘、爱莲、花园、竹坑、虎岗、小岭、大苏、杏花、瓦岭、小水、秆背、三村、埠下22个行政村，镇政府驻赤土圩。2001年撤销赤土镇建制，改设赤土畲族乡，是赣州市唯一的少数民族乡。