潭口镇建制于明朝洪武年间，江西通往广东的古驿道途经潭口，清代潭口又称“九牛圩”，是赣南历史上的古镇和名镇。

1928年，震惊赣南的潭口暴动写下了潭口人民反对国民党反动派的辉煌历史，为赣西南革命斗争打响了第一枪。

境西章江东边有水潭，潭水清莹如玉，名玉潭。汉时牛形岭下（今潭口镇潭口街）有店铺居玉潭口岸边，潭口以此得名。潭口处水陆交通要道，随着人口发展，明朝洪武年间，潭口形成集市，称“九牛圩”，

建制，成为赣南四大古镇之一。经清顺治三年（1646）咸丰六年（1856）等数次兵乱，街道毁尽，清光绪年间（1875-1908）迁今址，名潭口圩。解放前夕属潭口乡，解放初属潭口区潭口乡，合作化时属潭口区潭口乡。

1958年成立卫星公社；

1959年改名潭口公社；

1965年改为县辖镇；

1968年属潭口公社；

1982年复为县辖镇；

1994年6月底，潭口镇和潭口乡合并为潭口镇；

1997年，面积63平方千米，人口4.4万，辖南街、北街2个居委会和村头、下坝、江坝、岭上、金塘、台头、坞埠、洋山、代卫、石禾、龙塘、坳上、上元、半坑、路背、田头、山塘、三观、李蕉、潭口20个行政村，镇政府驻潭口圩；

2008年11月28日，划入赣州市经济开发区；

2013年11月12日，划入赣州市章贡区管辖。