唐武德二年（619）分浦州（今万州区）武宁县西界地置南宾县，隶临州（今忠县），为石柱建县之始。南宋建炎三年（1129），于南宾县水车坝设石砫安抚司，节制九溪十八峒。明洪武八年（1375）置石砫宣抚司，始设土司。十四年（1381）撤南宾县，部分县地并入丰都县，其余县地归土司管辖，成为一个政区，隶重庆卫。天启元年（1621）升为石宣慰司，隶夔州府（今奉节）。清乾隆二十二年(1757)改土归流，置石砫厅，直隶四川省。

民国二年（1913）改为石砫县。二十四年（1935）隶四川省第八区行政督察专员公署，三十七年（1948）改隶第九区行政督察专员公署。中华人民共和国成立后，1949年11月19日石 砫解放，成立县人民政府，隶属涪陵专区。

1959年6月16日，国务院批准改为石柱县。

1983年11月13日，国务院批准成立石柱土家族自治县。

1988年5月18日，国务院批准石柱县从涪陵地区划归黔江地区管辖。

1997年6月18日，重庆直辖市成立，石柱县随黔江地区成建制划归重庆。