东浦原为杭州湾边的滩涂， 东汉永和九年（140 年）会稽太守马臻围筑鉴湖后这里始成陆地。

南宋时，东浦镇已经形成现有的集镇格局。

明朝之前，东浦居民多聚居于镇南马院桥一带，清朝后东浦居民逐渐增多。

嘉庆年间，现东浦街面河两岸已形成街市，原马院桥处街市逐渐衰落。

辛亥革命期间，光复会的创始人徐锡麟出生于东浦，在徐的带动下，先后有陈赞卿等多人参加光复会和同盟会。光复会成员陶成章、秋瑾、王金发等都曾多次到东浦活动。

1950年，置东浦镇，被绍兴县管辖，后改为东浦公社。

1983年，改设东浦乡。

1984年，复置东浦镇。

1992年，东浦、鉴湖两乡镇合并成现在的东浦镇，属绍兴县管辖。

2001年1月13日，国务院同意将绍兴县的东浦镇划归绍兴市越城区管辖。

2002年12月，据大绍兴“四大组团，绿色空间”城市发展规划，东浦镇划入镜湖新区。

2007年，东浦镇被批为第三批国家历史文化名镇。