春秋时期，鄱阳县为楚番邑。

秦始皇二十六年（前221年）置番阳县，治今址，以处番水之北得名，属九江郡。吴芮时为番令即此。

西汉名鄱阳县，属豫章郡。建安十五年（210年）属鄱阳郡，为郡治，郡县均治今古县渡。

三国吴赤乌八年（245年）鄱阳县还治今址。

南朝，齐鄱阳郡还治鄱阳县。梁承圣二年（553年）分江州立吴州，领鄱阳郡、州郡同治鄱阳县。

隋平陈属饶州、为州治，大业初复为鄱阳郡治。

唐武德五年为饶州治，天宝元年（742年) 为鄱阳郡治，乾元元年（758年）为复为饶州治。

元为饶州路管辖。

明为饶州府管辖。

民国时期，1912年废府属省，1914年属浔阳道，1926年复属省。

建国后，1952年属上饶专区，1957年改名波阳县，1971年属上饶地区。 2003年12月17日经民政部批准，波阳县县名恢复为鄱阳县。2014年5月27日，鄱阳县列入江西省直管县体制改革试点。