2003年12月31日，国务院批准（国函139号）：撤销石嘴山市惠农县和石嘴山区，设立石嘴山市惠农区，以原惠农县和石嘴山区的行政区域为惠农区的行政区域。区人民政府驻北大街。

2005年，惠农区辖6个街道（育才路、南街、中街、北街、河滨街、火车站）、3个镇（红果子、尾闸、园艺）、3个乡（燕子墩、礼和、庙台），共42个行政村、50个居委会。面积1254平方千米。人口20.9万，其中城镇人口占71％。（根据宁夏日报专版·2005年09月17日第4版）

2006年，惠农区面积1088平方千米，人口20万。辖6个街道、3个镇、3个乡。区人民政府驻北大街。邮编：753200。代码：640205。区号：0952。拼音：HuinongQu。

育才路街道辖5个社区：庆安、桥西、育才路、水厂、新建路。

南街街道辖8个社区：春晖、煤炭路、矿务局、广西、憩园、乐新、矿中、新村。

中街街道辖5个社区：金融、一号井、中街、陶瓷、星火。

北街街道辖3个社区：公园、渡口、朝阳。

河滨街街道辖6个社区：电厂、钢花、红旗、滨园、兴旺、荷花。

火车站街道辖4个社区：花园、道东、火车站、矿安路。

红果子镇辖4个社区、5个村委会：惠东、惠西、红果子、长城；马家湾村、下营子村、上营子村、宝马村、五渠村。

尾闸镇辖6个村委会：尾闸村、和平村、团结村、下庄子村、聚宝村、西河桥村。

园艺镇辖6个社区：桥东、吉运、安乐桥、静宁、静安、惠民。

庙台乡辖7个村委会：省悟村、寇家桥村、静安村、李岗村、东永固村、通风村、乐土岭村。

礼和乡辖10个村委会：永平村、星火村、银河村、红柳岗村、红柴梁村、礼和村、沿河村、桥东社区、园艺村、底埂村。

燕子墩乡辖10个村委会：燕子墩村、外西河村、汪家庄村、上宝闸村、路家营村、简泉村、黄渠拐子村、蛟龙口村、西永固村、雁窝池村。

惠农区境内有：惠农监狱、惠农简泉农场、石嘴山市农牧场、惠农区良繁场。