宋代以“怀柔归化”之意设怀化砦，1942年设县。

1997年11月29日，国务院批准，撤销怀化地区和县级怀化市，设立地级怀化市。

怀化市（指地级怀化市，下同）历史悠久，远在新石器时代，就有先民在这里栖秘繁衍，遗址遍及全市各县，遗址出土文物极为丰富。远古为禹贡九州之荆州地。但直到春秋末期楚国向南开发湖南地区并开始征服今贵州一带才开始建立统治。战国时楚设黔中郡，怀化市境基本属楚黔中郡。

秦昭王二十七年（前208），派司马错发兵伐楚，攻占楚黔中郡地。三十年，重新设立黔中郡，郡治在今沅陵县。今天沅陵县城南窑头村有秦黔中郡故城遗址。但当时设县状况已不可考。

秦亡后，西汉政权建立，怀化市境为荆州刺史辖地武陵郡，但郡治改治义陵，即今溆浦县城南。设立的县主要有：沅陵（今沅陵、泸溪、麻阳县地）、镡成（今鹤城区、中方县和洪江市，以及靖州会同、通道、绥宁县地，并错入贵州省境）、无阳（今芷江、新晃县及鹤城区地，又错入贵州省境）、辰阳（今辰溪、麻阳、花垣、凤凰县及鹤城区地，又错入贵州省境）、义陵（今溆浦县地）等。东汉武陵郡改治临沅（今常德市区），建武六年（30年），省无阳、义陵2县并入辰阳县。

三国时属孙吴，仍为武陵郡地；以后多有变迁，东晋时省镡成县并入舞阳县；南朝齐时改舞阳县为氵舞阳县；南朝梁时，辰阳县改名建昌县，氵舞漾县改名龙檦县。设南阳郡，治建昌；

怀化市

析沅陵县置夜郎郡。南朝陈将建昌县复名辰阳县，析武陵郡置沅陵郡。

隋统一后，怀化市地属武陵郡、沅陵郡。

唐代州郡并称。为加强对州郡的监督管理，太宗贞观十年（636年），又依山河形势分天下为10道，玄宗时增为15道。怀化市境属黔中道，治所在今重庆市彭水县。怀化市境设立的州郡有：辰州卢溪郡，治沅陵；锦州卢阳郡，治卢阳（今麻阳县地）；叙州潭阳郡，治龙檦（今洪江市地）；奖州龙溪郡，治峨山（今新晃县地）；晃州，羁縻州，治所在今新晃县凉伞。除原有的沅陵、龙标（龙檦改名）外，新设置的县有溆浦（今县地）、麻阳（今麻阳、凤凰县地）、卢阳（今麻阳县西南）、招谕（今麻阳县东北及凤凰县地）、朗溪（今洪江市及靖州、会同、通道县地）、潭阳（今芷江县及鹤城区、中方县地）、峨山（今新晃县地）、渭溪（今新晃、芷江县地）等。

五代十国湖南境内马殷创立了楚国，怀化市境分属辰州、锦州、叙州等。

宋代怀化市境属荆湖北路，治所在鄂州（今武昌）。基本上分属辰、沅、靖三州。设县主要有沅陵、溆浦、辰溪、麻阳、卢阳（潭阳县地改置。今芷江、新晃及鹤城区地）、黔阳（先置于黔江城，后改置黔阳县）、永平（先改沅州贯保砦为渠阳县，后改名。绍兴八年省入靖州为州治。今靖县）、会同（三江县改名。今县地）等。

元代怀化市地属湖广行中书省江南湖北道，分属辰州路（宋辰州）、沅州路（宋沅州）、靖州路（宋靖州）。

明代属湖广布政司（治武昌）。省下改路为府，府领州、县，部分州直隶布政司，也领县。怀化市境属辰州府（治沅陵）和靖州（直隶州）。

清康熙三年湖南设省，怀化市境划归湖南省，属辰沅永靖道。设辰州府，治沅陵，辖沅陵县、辰溪县、泸溪县、溆浦县；沅州府，治芷江县（县丞驻榆树湾），辖芷江县、黔阳县、麻阳县；靖州直隶州，本辖，下辖会同县、通道县、绥宁县；嘉庆二十一年（1816年）析芷江县晃州堡置晃州直隶厅。

民国成立后，废府存县，保留“道”一级，清辰沅永靖道被改为辰沅道，靖州直隶州改为靖县。晃州直隶厅改为晃县。

民国11年（1922年），撤销道制，仅存省、县二级。

民国24年(1935年)，在沅陵设立湘西绥靖区，将指定绥靖范围的19县划为慈石庸、沅泸辰溆、永保龙桑、芷黔麻晃、乾凤古绥5个行政督察区。

民国25年（1936年）， 正式设立专员公署。将澧县、临澧、靖县、会同、绥宁和通道6县划入，与原19县组成4个行政督察专员公署，专员公署分别设在沅陵、慈利、乾城和黔阳。行政督察专员公署是由省政府派出机构，代行省政府职权。

民国26年（1937年）12月，全省普遍设立行政督察专员公署，

怀化市

以专员兼任驻在地县长。其中第三区辖沅陵、大庸、桑植、溆浦、永顺、泸溪、辰溪7县，专员驻沅陵；第七区辖黔阳、绥宁、会同、芷江、靖县、通道、晃县7县，专员驻黔阳；麻阳县属第四区。 民国29年（1940年）4月，又将全省重新划为十个行政督察区。其中第九行政督察区，治沅陵，辖沅陵县、溆浦县、辰溪县、凤凰县、乾城县、永绥县、泸溪县、麻阳县；第十行政督察区，治会同县洪江市，辖会同县、芷江县、绥宁县、黔阳县、晃县、靖县、通道县、怀化县（1942年设县）。

1949年湖南和平解放后，将原来的行政督察区改为“行政专员行政公署区”，简称“专区”。原第九、十区被改为沅陵专区和会同专区。并设立湘西行政区，辖永顺、沅陵、会同专区。同时，怀化县驻地由怀化驿(泸阳镇)迁至榆树湾，黔阳县驻地由黔城镇迁至安江镇。

1950年3月，会同县驻地由洪江镇迁至今城关镇；10月以会同县洪江镇行政区域设立洪江市。

1952年9月，撤消湘西行政区和所辖的三个专区，设立湘西苗族自治区和芷江专区。芷江专区辖洪江市及芷江、黔阳、溆浦、绥宁、通道、靖县、会同、晃县、怀化、麻阳、辰溪、沅陵12县，同年11月，芷江专区改名黔阳专区，行署驻地由芷江迁至于黔阳县安江镇。今天怀化市的行政区域基本成型。

1953年6月，撤销洪江市，并入黔阳县，黔阳县驻地由安江镇迁至洪江镇。同年9月再设洪江市。

1954年5月，撤销通道县，设立通道侗族自治县

1956年6月，撤销晃县，设立新晃侗族自治县。以晃县以及芷江县部分区域为其行政区域。

鹤城区怀化市

1958年6月，黔阳专区的绥宁县划归邵阳专区。

1959年3月，撤销靖县，并入通道侗族自治县。

1961年7月，设立安江市，以黔阳县的安江镇及其周边部分区域为行政区域。

1962年10月撤消。同时复设靖县。

1963年5月，撤消洪江市，并入黔阳县。

六十年代末至七十年代初，行政专员行署被改为地区行政公署，简称“地区”。

1978年12月30日，黔阳地区驻地由黔阳县迁至怀化县榆树湾镇，并更名为怀化镇。

1979年4月4日，设立怀化市，以怀化县的怀化镇、盈可公社为其行政区域。同年9月1日，复设洪江市。

1981年6月30日，黔阳地区更名为怀化地区。

1982年12月24日，撤消怀化县，并入怀化市。

1986年9月22日，撤销芷江县，设立芷江侗族自治县。

1987年2月19日，撤销靖县，设立靖州苗族侗族自治县。

1988年10月31日撤销麻阳县，设立麻阳苗族自治县。

1997年11月29日，撤消怀化地区，设立地级怀化市。怀化市辖原怀化 地区的沅陵县、辰溪县、溆浦县、会同县、麻阳苗族自治县、新晃侗族自治县、芷江侗族自治县、靖州苗族侗族自治县、通道侗族自治县和新设立的中方县、鹤城区。合并原黔阳县和洪江市，新设立的洪江市驻黔城镇，由省直辖，怀化市代管。

1999年，洪江市雄溪镇（原洪江市）发生群体事件，为平息事态，以原洪江市行政区域（原黔城乡除外）从新洪江市分离，设立怀化市洪江管理区，为怀化市政府派出机构。