史前时期，淮上区地域为淮夷族

聚居区。

春秋战国时期，淮上区曾分别为宋、吴、楚等国邑地。

秦王朝建立后实行郡县制，淮河北岸的淮上区地域为泗水郡蕲、徐等县分领。

清朝时期，凤阳县主簿由溪河集移治今小蚌埠镇，清同治二年（1863年），凤阳府在小蚌埠正街原凤阳县主簿街署立“三县司”一所，直属凤阳府管辖，专管蚌埠一方行政治安之事。

民国元年（1912年），民国政府将“三县司”废，小蚌埠镇由凤阳县划属灵壁县，一直到1947年蚌埠脱离凤阳县设为市，小蚌埠又划属蚌埠市。

1949年初设小蚌埠区，1956年改名郊区。

2004年1月10日，经国务院批准，以规划30平方公里的范围为起点，调整蚌埠市部分行政区划，原郊区的小蚌埠镇、吴小街镇、原中市区的淮滨街道、原属怀远县的梅桥乡与原属固镇县的曹老集镇合并成立为淮上区，区人民政府驻小蚌埠镇。将原郊区的李楼乡、长淮卫镇，雪华乡的曹彭、仇岗、孙郢、山南4个村划归龙子湖区管辖；将燕山乡，雪华乡的邱桥、纪郭、沈圩3个村，长青乡的陶店、金圩2个村，秦集镇的仲集村划归蚌山区管辖；将长青乡的许庄、九龙、山香、黄山、王岗、石巷6个村，秦集镇的秦集、九塘、河北、东周、姜顾、花郢、西朱、禹会、大徐、高埂、前郢、冯东、冯西、宗洼、草寺、大孔、老贯徐、三尖塘、彭巷、仁和、枣林、周蔡、杭刘、广德24个村划归禹会区管辖。

2004年3月，淮上区正式成立，淮上区政府由涂山路迁至淮上大道。2004年底，淮上区辖1个街道、3个镇、1个乡。

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