晋太康三年（282年）设建安郡（福建）分出闽东、闽西、闽南大部分土地，设立晋安郡，辖8个县，同安县归晋安郡，灌口镇隶属于同安县安仁里，为其15都（统16保），辖今灌口镇的灌口街和双岭、东辉（山兜）、李林、顶许、田头、上塘、坑内、深青、黄庄等村委会所属的各自然村和第16都（统9保），辖今灌口镇的上头亭、井城、陈井、浦林、铁山、三社等村委会所属的各自然村（今锦园也属16都）。

唐代以来，灌口就是“烟火千家，颇为富庶”的“八闽重镇”（《同安县志》记载），是同安县的粮仓，现在东辉村的米场就因此而得名。

元朝时设深青驿站，“上至大轮驿六十里，下至漳州府龙溪县江东驿六十里，原系驿丞专理”（《同安县志.交通》）。

明代洪武二十四年（1391年）为防倭寇侵犯，江夏侯周德兴建灌口城和高浦城。

清顺治十八年（1661年）建灌口城，设巡检司。

民国时设区公所，灌口地区即：灌口（灌口街、打棉街、双宽庵、海仔市、庵仔前）、上塘、田头、坑内、深青、黄庄、上头亭、井城、陈井、浦林、西滨、马銮、曾营、高浦、杏林、内林、前场、西亭、锦园、铁山、三社、李林、顶许、东辉、双岭。

解放后，灌口属晋江地区行政公署同安县第二区。

1951年完成土地改革后，建立乡一级政权的有16个乡，即：灌口街、上塘、洋坑、李林、三社、铁山、浦林、陈井、西滨、马銮、登赢、杏林、前场、锦园、西亭。

1953年8月，合并为13个乡，即：上塘、洋坑、李林、陈井、浦林、前场、西滨、登赢、高浦、杏林、锦园、三社、西亭。

1956年3月合并为8个乡，即：鹰海、前场、海山、三李、旗山、双岭、锦亭、洋坑。

1958年5月合并为4个乡，即：前场、海山、三李、旗山。同年10月，成立灌口人民公社，实行“政社合一”。

1961年成立灌口区，辖7公社。

1967年撤区，仍为灌口人民公社。

1985年改镇建制。

1997年，辖灌口、李林、双岭、田头、上塘、黄庄、深青、上头亭、井城、陈井、浦林、铁山、三社、顶许、东辉、坑内16个村和灌口社区。