新店镇春秋战国时为越地。

秦始皇统一六国后，地属闽中郡。

汉建安初闽地设五县，属候官县。

三国时期及晋武帝平定孙吴后，均属东安县。

西晋太康三年（公元282年）析东安县置同安县，后又省入晋安县。

南朝宋泰始四年（公元468年）晋安郡改为晋平郡，梁天监年中（公元503-519年）又分晋平郡，置南安郡，新店均属其辖。

唐贞元十九年（公元803年）析南安县西南四乡置大同场。

五代后唐长兴四年（公元993年）升大同场为同安县，属同安县的绥德乡。

一千多年来，新店镇行政建制历经多次变更，宋至民国前期，大部属翔风里13、14都，小部（10个行政村）属民安里10都。

清乾隆四十年（1755年），划归马巷厅管辖。

民国元年（1901年）仍属同安县，

民国二十三年（1924年）同安县实行保甲制度，

民国二十七年（1938年）属于同安县第二区第十五办事处，联保取名“仁风”，设有17个保。

民国三十二年（1943年）属同安县仁风乡、振南乡。

解放初属于同安县第五、第六区。

1952年7月改属于第十区。

1955年8月属于洪钟区，

1956年6月属于马巷区。

1958年3月撤区，新店分设为新岩、盐山、前线3乡。

1958年10月，为东风公社。

1959年建新店公社，

1960年4月，属马巷公社。

1961年10月为新店区和县属渔业公社，

1964年4月为新店公社和东坑公社。

1969年1月，撤消东坑公社，垵山、湖头等8个大队划归新店公社。

1971年3月，南安石井公社的莲河、霞浯2个大队划归新店公社。

1984年9月，撤社建新店乡。

1987年10月，撤乡建新店镇至今。

1997年05月01日，同安撤县设区，属于同安区。

2003年10月设立翔安区，划归翔安区管辖。