清朝统治者把东北视为他们的发祥地，因此清入关后，了巩固后方根据地，不使汉人占据、开发，以保护清朝统治者独占东北特产的权益，于康熙九年至二十年（1670-1681年）在吉林省境内修筑柳条边（俗称边墙〕，防止汉人和蒙古人进入，并在境内设有四个边门，沿边墙四个边门，共置二十八个边台，今九台县就是这二十八个边台之一，是北数第九台。九台分上九台、下九台。县城设在下九台，后改为九台。成为县名。

两汉时期为扶馀国的属地；扶馀灭亡后，从南北朝到隋唐初期，属靺鞨地；唐代，接受渤海国称号时，属渤海的扶馀府（今农安）辖境；辽代为东京道黄龙府（今农安）辖境；金代为上京路济州（即辽代的黄龙府）辖境；大定二十九（1189年〕济州改为隆州，贞和初（1214-1217年）为隆安府（即今农安），今九台县亦随之归属隆安府；元代属开元路辖境（开元路曾在黄龙府，后又迁到今开原）；明代属奴儿干都司管辖。

清康熙二十年（1681年）把这一带封为禁区，在吉林省境内修筑柳条边墙，并在封禁区的“紧要关口”安设卡伦（为卡哨之意）或“设立封堆”，以防汉人和蒙古人进入。至咸丰十年（1860年）由于国内外形势的逼迫，才完全开放。光绪四年（1878年）设立垦务局，并积极鼓励开发垦种。光绪三十三年（19O7年）改将军为行省。

民国初年改东三省总督为奉天都督，不兼辖吉、黑两省，这时东北三省开始分治。伪满大同元年（1932年）由地方纳商请准设制，从永吉县、长春县、德惠县的部分地区析置为九台县，隶属吉林省。

民国三十六年（1947年）六月五日正式公布东北新省区方案，正式批准设立九台县，隶属于吉林省。

1945年九台解放，设县人民政府，1955年改为县人民委员会，1968年改为县革命委员会。

1980年复称县人民政府。

1988年，撤销九台县，设立九台市。

2005年，将九台市的卡伦湖镇、龙嘉镇（原龙家堡镇）、东湖镇3个镇划归长春市二道区管辖。

截至2006年底，九台市辖3个街道、10个镇、2个乡，10个社区、310个村。