1985年在花园村发现了晋朝的墓穴，证实鲍峡镇至少在晋朝前就有人安家落户。

1948年，鲍峡镇曾划归陕西省白河县管辖，1949年12月划归湖北省郧县管辖，隶属于鲍峡区。

1987年撤区建镇，鲍峡区和鲍家店镇一分为二，分解成鲍峡镇、胡家营镇、东河乡。2001年4月，行政区划调整，东河乡划归鲍峡镇，组建成新的镇，合并后的鲍峡镇政府仍设在鲍家店村三组原址。