13世纪中叶，元设云南行中书省，本区为省治中庆城（原鄯阐城）一部。

14世纪

后期，明军平滇，城区建造了设有“东南六门”的砖城，昆明老城皆在城内。

民国年间，辖区内的五华山一直是云南军政首脑机构所在地。

1928年8月1日，昆明市政公所改为昆明市政府，商埠第一、二两区不久改为第五、六区。区境为第三、第四区全部，第一、第二、第五区局部。

1941年，市区扩建的第七第八两区的属地玉皇阁、莲花池等局部地段在本段。

1949年12月9日，昆明解放，辖区内的五华山为省政府及部分厅局驻地。

1950年3月，中国人民解放军军事管制委员会成立，按原8个区建制接管，建立市、区两级人民政权。

1951年，8个区并为5个区，其中第二、第三两个区和第四区大部、第一、第五两区局部在本区。

1953年11月，区公所改制为人民政府，区境为第二、第四区，改制为县级政权。

1956年9月，原第二、第四两区合并，以境内五华山而命名为五华区，五华区人民委员会正式成立。