赫山区因区内有闻名的“赫山庙”而得名，成立于1994年4月7日。

益阳县（赫山区前身）历史悠久。早在旧石器时代，原始人类在此生活。新石器时代，先民在洞庭湖滨、资水沿岸依岗面水，聚群而居。青铜器时代，村落渐趋密集，先民用石、木器具农耕，农牧业开始发展。春秋战国时期，益阳属楚，为楚国屯兵储粮据点。

秦统一六国后，置益阳县。因地处益水（今资水）之北而得名。建县初，行政区域面积约2.18万平方公里。县治设于资水北岸白马山。

西汉初年，农业生产逐渐开发，贯通东西的古驿道开始形成。汉高祖十一年（前196），大中大

夫陆贾从京都长安出使南越，途经益阳，住资水南岸铁铺岭南山（为纪念陆贾，此山后名陆贾山）。“文景之治”出现繁荣景象。

三国时期，益阳为兵家所必争，先后为蜀、吴属地，今有诸葛井、鲁肃堤、马良湖、甘宁垒等遗址。孙权欲取荆州，派鲁肃领兵拒关羽于益阳，两军对峙资水，关羽单刀赴会于大渡口。

西晋、南北朝时期，巴蜀流民徙入荆湘，县境人口日增。东晋宁康元年（373），佛教传入，南派领袖惠远禅师分别在青秀山、会龙山修建清修寺和宝泉寺（明代更名栖霞寺）。道教始传，道徒驻浮邱山修道。

唐朝推行均田令，县境经济逐渐恢复。“贞观之治”时，经济繁荣，稻谷、麻、茶叶及竹木生产闻名海内。佛教盛行，朝廷派大将尉迟敬德来县修建龙牙寺和龙安寺，寺庙发展到24处，有佛教徒1600余人，清修寺、白鹿寺、广法寺、西峰寺为益阳“四大丛林”。荆南节度使裴休（后为宰相）曾讲学于白鹿寺。邑人高僧齐己，为晚唐著名诗人，有822首诗作传世。

宋代，今羊舞岭、珠波塘、石笋一带瓷窑业兴起，县治成为湘西北竹木及副产品的主要集散地。文化繁荣，始建学宫于县治，创南轩讲塾于青秀山，理学大师朱熹、宰相李纲、名士苏轼等，或来讲塾讲学，广授生徒；或来清修寺、白鹿寺等地揽胜，吟诗作赋。南宋时，封建压迫加剧，洞庭湖区以钟相为首举行农民起义。建炎三年（1129），起义军攻克益阳县治，杀守令袁显。

元代至元年间（1264—1294），挽围河皮、油麻等12个小垸，湖区筑堤围垸自此开始。元贞元年（1295），益阳县民有万户，升格为州。元末，连年征战杀戮，水灾为患，州境人口剧减，土地荒芜。

明洪武十四年（1368），益阳降州为县。洪武至永乐年间，江西吉安、吉水等地来县移民落户的达271族，时称“洪武落业”。明代中叶，城镇分布和行政区划大体定型，全县分设23厢里。嘉靖三十年（1551），知县刘激创建龙洲书院于县治南岸龟台山，兴办兰溪等20多所社学，并拓县治故址修筑城墙，县城初具规模。万历十年（1582），兰溪、泉交河、沧水铺发展为农村工商集市。明代末期，县境连遭水、旱、疫灾，人口减少，社会衰退。

清代，全县行政区域面积约3180平方公里，仍设23厢里。“康乾盛世”，朝廷奖励农耕，耕地扩大到84万多亩。湖区始种双季稻，稻谷产量迅速增长。嘉庆年间，县境已为“生齿滋盛”、“地辟人稠”之区，稻谷、鱼、猪、竹木自给有余，正常年景外销稻谷10—20万石。嘉庆以后，清廷腐败，地主阶级趁机兼并土地，佃农受到极其苛重的剥削，阶级和民族矛盾激化。

清道光二十年（1840），鸦片流入，社会衰退。咸丰二年（1852），太平军攻克县城，将益阳县改名“得胜县”。后“红巾军”、“红黑会”、“哥老会”，等相继起事，但均遭官府镇压。

清宣统三年（1911），辛亥革命成功，清王朝覆灭，县内拥戴共和，两千多年的封建帝制结束。

民国元年（1912），国民党益阳分支部成立，次年，被湖南督军汤芗铭下令解散。之后军阀混战，县境成为拉据地带，政局不稳，经济衰退。

1924年6月，夏曦、欧阳笛渔、欧阳泽等地下党员在兰溪全家堤建立湖南省第一个中共农村支部。

1926年10月，中共益阳地方执行委员会成立。

民国中期，先后修建长（沙）常（德）公路益阳段和益（阳）沅（江）简易公路。

民国19年，湖南省政府列益阳为一等县。

1949年8月3日，中国人民解放军49军146师进驻县城，益阳和平解放，8月18日，中共益阳县委员会、县人民政府成立。新中国成立后，全县撤销乡、保行政建制，设12个区，315个乡，成立区、乡人民政府。

1958年，开展“大跃进”和人民公社化运动，全县建立13个人民公社。

1968年3月，县革命委员会成立。

1979年，设立县人大和县政协，撤销各级革命委员会和人民公社，设县、乡(镇)人民政府。

1994年，随着益阳地区改建为益阳市，文明古老的益阳县改设为益阳市赫山区。

1994年4月7日，国务院批准：（1）销益阳地区、益阳市和益阳县，设立益阳市（地级）。（2）益阳市新设资阳区和赫山区。资阳区辖原益阳市的汽车路、大码头、城内、大水坪4个街道办事处和新桥河、迎丰桥

两个镇及长春、香铺仑、李昌港、过鹿坪、杨林坳5个乡，原益阳县的沙头镇、茈湖口镇、张家塞乡，区人民政府驻原益阳市人民政府所在地大码头街道办事处。赫山区辖原益阳市的黄泥湖、金花湖两个乡和桃花仑、会龙山两个街道办事处，原益阳县的赫山、衡龙桥、沧水铺、欧江岔、泉交河、兰溪、八字哨、泥江口、新市渡、谢林港10个镇和提卡子、岳家桥、大泉、樊家庙、白石塘、槐奇岭、珠波塘、上湖、牌口、张家塘、羊舞岭、羊角、石笋、笔架山、泞湖、烂泥湖、千家洲、天成垸、邓石桥19个乡，区人民政府驻原益阳县人民政府所在地赫山镇。

2000年，赫山区辖5个街道、11个镇、8个乡。

2004年，赫山区辖5个街道、11个镇、9个乡。

2005年，赫山区部分乡镇行政区划作如下调整：将羊角乡、千家洲乡和兰溪镇成建制合并，设立新的兰溪镇，镇人民政府驻河边路；将石笋乡和龙光桥镇成建制合并，设立新的龙光桥镇，镇人民政府驻龙光桥（原龙光桥镇人民政府驻地）；将白石塘乡和衡龙桥镇成建制合并，设立新的衡龙桥镇，并将岳家桥镇的青竹塘村划归新的衡龙桥镇管辖，镇人民政府驻衡龙桥（原衡龙桥镇人民政府驻地）；将樊家庙乡和泥江口镇成建制合并，设立新的泥江口镇，镇人民政府驻泥江口（原泥江口镇人民政府驻地）；将凤凰湖乡和笔架山乡成建制合并，设立新的笔架山乡，乡人民政府驻张家塘；将黄泥湖乡与会龙桥街道办事处合并，设立新的会龙山街道办事处，办事处机关驻会龙山（原会龙山街道办事处机关驻地）。

2015年，根据益阳市赫山区乡镇区划调整方案，牌口乡、欧江岔镇成建制合并设立欧江岔镇。龙光桥镇、赫山街道成建制合并设立赫山街道。笔架山乡，泉交河、八字哨、兰溪、岳家桥、衡龙桥、泥江口、沧水铺、谢林港、新市渡9个镇的行政区域和乡镇人民政府驻地不作调整。