惠南镇之名启用于1934年南汇县实行保甲制之后，以“有惠于南汇”之意而得名，最早源于惠南镇上的惠南书

院。

南宋乾道八年（1172年），华亭知县邱崇修筑里护塘，象征着惠南镇于此之前已经成陆。

明朝洪武十九年（1386年），惠南镇开始建设，城内为镇，城东外为厢，其余为乡村，属金山卫管辖。

清朝雍正四年（1726年），南汇县建县定县治于惠南镇后，即改名为城厢镇。

民国元年（1912年），惠南地区为江苏省南汇县市东乡、市西乡的一部分。

民国十八年（1929年），南汇县正式设区，惠南地区属城厢区管辖。

民国二十七年（1938年），日本侵略军占领南汇县后，改南汇县为“上海南汇特别区”，下设分区，惠南地区分属第一分区的四南乡、旺南乡、宝善乡、五墩乡的一部分。

民国三十四年（1945年），南汇特别区行政设置撤销，恢复抗日战争前的建置，惠南镇仍属城厢区管辖，境内有四南乡、城东乡、城西乡、城南乡。

1949年6月，惠南镇为南汇区辖下的城外乡、城东乡、四南乡、宣桥乡、三灶乡的一部分，有56个保、891个甲。

1984年4月13日，惠南人民公社召开人民代表大会，建立惠南乡人民政府。同年10月，以原各生产大队为单位，召开村民大会，选举产生18个村民委员会，大队改为村。

1994年，徐庙村、陶桥村、城南村、汇南村划归南汇工业园区。

1995年2月，经上海市人民政府批准决定，原惠南镇、惠南乡建制撤销，建立新的惠南镇。

2003年5月8日，原黄路镇、惠南镇建制撤销，建立新惠南镇。