清雍正四年（1726年），上海县的长人乡析出大部分地区建立南汇县，其时书院地区还是一片滩涂泽国。

清嘉庆十五年（1810年），南汇县领2乡、5保、159图和7团、74甲，书院地区有了石皮泐和书院厂两个地名，石皮泐隶属于当时的一团南下六甲，书院厂隶属于一团北下六甲。

清光绪十年（1884年），王公塘修筑，王公塘以西的书院地区已成陆。清光绪三十二年（1906年），李公塘修筑，书院地区全部成陆。

清宣统元年（1909年），南汇县除城厢镇外，设有2个镇、17个乡，书院地区的大部分属三墩乡管辖，小部分属大团乡管辖。

民国二十三年（1934年），南汇县设、8个区、22个镇、89个乡。其时，从三墩乡和大团乡划出部分地区建书院乡（洋溢港以北地区）和惠东乡（洋溢港以南地区），书院乡隶属于南汇县第一区管辖，惠东乡隶属于南汇县第八区管辖。

民国三十六年（1947年），南汇县裁区并乡，撤销原有的区级行政建置，全县58个乡镇并为30个乡镇，书院地区的书院乡和惠东乡（1946年惠东乡改名为云卿乡，1947年，云卿乡与泥城乡合并）隶属南汇县管辖，直至解放。

1949年5月14日，书院地区解放，南汇县划为1个市（周浦市）、1个区（城区）、6个乡镇联合办事处。今书院地区有书院乡和泥城乡的一部分组成，洋溢港以北为书院乡，属南汇县城区管辖；洋溢港以南的泥城乡属南汇县第六乡镇联合办事处管辖。

1950年初，废除了乡镇办事处建置，全县划为1个市、7个区、5个镇、103个乡。当时的书院地区分为书院、新北、北窑、塘石4个小乡。书院、新北2个乡隶属老港区管辖；北窑、塘石2个乡隶属于大团区管辖。

1951年11月，南汇县对行政区划再次作调整，并完成村一级的行政建置。其时书院、新北、北窑、塘石4个小乡都归泥城区管辖。

1956年2月，书院地区的书院和塘石2个小乡合并成书院中乡；北窑和新北2个小乡合并成北窑中乡。两乡仍属泥城区管辖。

1957年9月，南汇县撤区并乡，撤销区一级建置，全县有49个乡并为16个乡，计290个高级农业生产合作社。原书院和北窑两个中乡合并成书院大乡，辖14个高级农业生产合作社。至此，书院开始独立建置。

1958年9月，南汇县建立书院等10个人民公社。书院人民公社所辖范围包括今书院镇的大部分（书院镇的团结、友谊、良久村属泥城人民公社管辖）、万祥镇的全部、新港镇的部分地区（四灶、黄华、丰产、果园村），实行营、连编制，下设9个营。

1959年6月，南汇县的10个人民公社调整为21个人民公社，书院人民公社所辖地区也作了相应的调整，原划出去的团结、友谊、良久大队重新并入，1958年建立书院人民公社时并入的万祥、新港地区全部析出。

“文化大革命”中的1969年8月，书院人民公社革命委员会成立。

1980年12月，书院人民公社革命委员会撤销，恢复公社管理委员会。

1984年4月，撤社建乡，书院人民公社改为书院乡，大队改称村。随着城镇化的发展，1995年9月，撤乡建镇，书院乡改为书院镇，下辖14个行政村、145个村民小组、1个街道居民委员会（含15个居民小组）。2003年5月，原书院镇、新港镇建制撤销，建立新的书院镇，隶属南汇区。