永吉县历史悠久，取“永远吉祥”之意。

虞至周秦时期永吉地方的部族，就与中原王朝建立了统属的贡纳关系。

两汉至隋唐时期永吉地域均隶属中原各王朝设置的军事组织、地方政府所统辖。

辽时永吉属东京道涑州地。

金时永吉属咸平路咸平府玉山县（今开原东）地。

元时永吉属开元路咸平府地。

明代嘉靖年间（1522年-1566年），海西女真扈伦四部筑城于乌拉河岸洪尼地（即乌拉古城），永吉统属乌拉部。

明万历四十一年（1613年）建州女真灭乌拉部，永吉并入建州卫。

清朝时期，永吉先后属盛京、宁古塔昂邦章京、宁古塔将军、吉林将军的辖地。

清顺治十四年（1657年），于大乌拉虞村（今乌拉旧街村）建立“打牲乌拉总管衙门”。

清雍正四年（1727年1月12日），始设永吉州，光绪八年（1882年）升为吉林府。

民国二年（1913年），开设吉林县，

民国十八年（1929年），复名永吉县。先后归属清奉天府尹、宁古塔将军、吉林行省，中华民国吉林省管辖。东北沦陷期间，永吉县直属于伪吉林省。

民国三十年（1941年），因永吉县与延吉县的日语语音相近，又复名吉林县。

民国三十四年（1945年），东北光复后再次复名永吉县的称谓。

民国三十四年（1945年8月17日），成立永吉县治安维持会，地址在吉林市永吉胡同北。同年12月，永吉县成立了中国共产党领导的民主政府，接管了永吉县政权，县机关设在吉林市。

民国三十五年（1946年2月），县民主政府迁至口前，永吉县归中国共产党领导的吉林省管辖。

民国三十五年（1946年5月28日至1948年3月9日），国民党在永吉境内建立永吉县政府，县治设在吉林市，直属国民党设置的吉林省。

民国三十七年（1948年7月15日），吉林省政府决定，永南、永北两县合归为永吉县，县治仍设在吉林市。

1949年中华人民共和国建立后，永吉县为省辖县。

1958年9月27日，经中共吉林省委决定，永吉县属吉林市管辖。

1966年2月市、地分设，永吉县属永吉专区管辖。

1969年5月市、地合并，永吉县属吉林市管辖至今。

1970年2月19日，经吉林省革命委员会批准，县机关移驻口前，结束了240多年设治于吉林城附郭县的历史。