1511 年葡萄牙人侵占马六甲后 ，许多穆斯林商人被迫迁往亚齐等地。各国商船被迫另沿苏门答腊西岸经巽他海峡进入印尼群岛。因此，位于这条航线北端的亚齐开始繁荣 。第一任苏丹为阿里·穆哈雅特·夏。
1521 年 ，亚齐摆脱比提尔王国的统治后 ，发动 一连串“圣战”，以图赶走葡萄牙殖民者，控制胡椒产地。1547年亚齐对葡萄牙人发动强大进攻，几乎攻陷马六甲。亚齐同葡萄牙殖民者的斗争一直持续到 1575 年 。1564年亚齐进攻柔佛王国，掳走苏丹，摧毁柔佛城。
伊斯坎达尔·幕达 （1607～1636在位） 是亚齐王国著名的苏丹。在位时亚齐的势力达到高峰。亚齐王国疆域西达英德拉甫拉（今米南加保地区），东至西亚克。还征服了彭亨、吉打和霹雳，取得马来半岛的胡椒和锡产地。1613年和1615年，伊斯坎达尔·慕达两次进犯巴都沙哇尔。1629年 ，他进攻马六甲，但为葡萄牙、柔佛和北大年的联合舰队所败。17 世纪40年代柔佛乘机向西亚克和英德拉基利扩张 。60年代以后，米南加保逐步挣脱亚齐的羁绊，马来半岛诸国由于得到荷兰的支持也摆脱亚齐的控制。17世纪末，亚齐对胡椒贸易的控制也被荷兰打破 。1873年3月荷兰派远征军入侵亚齐 。次年1月占领亚齐首都和王宫 ，苏丹马赫穆德·夏被迫撤往山区，不久病故。亚齐人民在新苏丹和伊斯兰教首领杜固·乌玛的领导下继续进行抗荷斗争，长达30年之久。
1913年亚齐沦为荷兰殖民地。
