花莲市原名“崎莱”，为阿美人对当地的称呼，汉族移民称之为“洄澜”，

是因为花莲溪入海口处与海浪激荡，迂回澎湃，故称洄澜。清同治年间，以其谐音改称花莲。清光绪四年建立城邑，称为新港街。台湾光复后，于1946年设花莲市，并成为花莲县县治所在地。

该市原为阿美人的聚居区，清咸丰元年，台北人黄阿风先后募得2000余人，由海路至该市丰川附近定居，从事垦殖。清同治年间在大力开发后山时，从宜兰苏澳至这里的道路开通，路宽5尺，全长206里。此后，来这里定居的拓垦者日渐增多。清光绪六年（1880），在这里设花莲抚垦局，光绪十三年（1887）设花莲厅。日据时期，曾计划在此设农业专业区，后因日本移民水土不服而化成泡影。台湾光复之初，花莲市是当时全台湾省仅有的两个县辖市之一。