1958年，现辖区域属沧县城关公社城关管理区和南关管理区。

1961年6月1日，以沧县城关公社为基础建立沧州市。该区南部由南大街公社管辖，北部由新华路公社管辖。

1980年3月6日，沧州市设立新华、运河、郊区三区，因境内由著名的运河蜿延而过，故名“运河区”。

1980年5月7日，运河区筹备组成立，党群部门在南大街公社原址办公，政府及后来的人大部门在市招待处南院办公，旋即组建六个街道办事处。

1981年，规范地名，办事处名称定为：西环中街街道办事处、南环中路街道办事处、水月寺街街道办事处、市场街道办事处、公署街道办事处和南湖街道办事处。

1985年10月，区政府办公楼于顺河小学南侧建成启用，1989年1月迁至水月寺街225号。

1997年11月7日，撤销沧州市郊区，南陈屯乡（不含王希鲁村）和小王庄镇（不含三里、北赵家坟村）两个乡镇，83个村并入运河区。

2000年，调整区划，运河区辖水月寺、市场、公园、南湖、西环、南环共6个街道及小王庄镇、南陈屯乡。

2002年3月20日，对社区管理体制进行改革，将原53个居（家）委会，撤并为39个社区居委会，原城区18个非农业村成立小区管委会同时并入相应的社区居委会。

区政府2008年因沧州城市建设进行拆迁，办公地址更改为光荣路26号。