水的消毒是市政水处理领域中一个重要的环节。现有的市政水处理消毒技术主要包括以下几种：
1.Cl以及氯制剂对水的消毒
利用Cl来对水进行消毒是至今仍被广泛采用的一种方法，人们对于它消毒的原理也比较熟悉。采用氯对水进行消毒，主要就是通过其中HClO的氧化作用进行杀菌，因为次氯酸HClO是一个很小的中性分子，因此它能够扩散到带有负电的细菌的表面，然后穿透细菌的细胞壁进入到细菌的内部，发挥其氧化的作用对细菌内的酶系统进行破坏从而杀死细菌。
液氯，是一种有毒的，腐蚀性很强的化学物质，因此，在对其进行运输或是贮藏及使用的过程当中，我们都必须要严格的管理，它通常情况下在比较大型的水处理厂中使用。氯制剂比起液氯来比较安全，但是漂白粉中有效的Cl很容易分解，造成使用的不方便性；NaClO不能够贮藏，必须在现场使用，而且其产气量也比较小，受到各方面的限制它的使用不是那么的普遍。Cl消毒能够以较快的速度杀死水中存在的细菌，成本也不是很高，但是在Cl消毒的过程当中很容易产生一些有害的物质，这些经过氯化了的有机污染物，形成有机氯化物之后不仅使得水容易产生异味，而且这种污染物有毒并致癌，对人的生命安全造成威胁。
2.ClO2对水的消毒
ClO2是一种强氧化剂，它有很好的细胞壁吸附能力以及细胞壁的穿透能力，可以有效地快速地进入细菌内部对其酶系统进行破坏，从而达到快速杀菌的作用，因此运用ClO2对水进行消毒不失为一种理想的方法，它兼具了其它消毒剂的优点。因为ClO2是一种氧化剂，并不是氯化剂，因此，它与水中的很多有机物都不发生反应，如果反应也只是生成了氧化的产物，不会造成污染，ClO2的杀菌和消毒作用，要远远的超过运用Cl及氯化剂消毒。
3.运用O3对水进行消毒
O3消毒技术的应用，可以有效对水进行杀菌和消毒，因为其所产生的有害物质很少，同时能够使水中溶解氧增加，实现水的脱色和去臭，能够杀灭水中的藻类，也可以分解和氧化水中的Mn、洗涤剂、色素以及悬浮的颗粒和有机农药，进而使得水质得到了大大的改善。运用O3进行消毒所要解决的主要问题就是其生产的设备比较庞大，生产的流程又比较复杂，对其运行和管理的水平要求也比较高，O3的制取生产率比较低，所消耗的电能也比较大，基础建设投资大，成本比较高；除此之外，O3还是一种不稳定的气体，很容易在水中分解。因此，单独运用O3进行消毒很难保证持续性的杀菌消毒效果。
4.运用紫外线对水进行消毒
紫外线能够改变核糖核苷酸和脱氧核糖核苷酸中含氮的物质，它可以在相邻的核苷之间形成二聚物产生新键，通过这种作用就可以致使水中的微生物不能够实现自我的复制，从而达到了消毒的目的。因此，运用紫外线对水进行消毒既方便又快捷。但是其消毒的效果却受到多方面因素的影响，消毒之后的水还应该进行必要的预处理。运用紫外线消毒技术的优点比较突出，尤其是在水量较小的情况下能够充分的发挥其优势，即用低剂量在较短的时间内就能够杀灭水中的细菌。紫外线消毒设备安装比较容易，其管理和运行又都非常的方便，更重要的是运用紫外线进行水处理是一种物理处理，不会向水中增添新的物质，消毒后的水中也不会产生有毒副作用的产物。而病毒的本身抵抗紫外线的能力很弱，如果病毒通过宿主的保护之后就增强了病毒抵抗紫外线的能力，因此，运用紫外线对水进行消毒也要进行预处理，也不能够保证持续性的杀菌消毒的效果。
新型的市政水处理消毒技术：
a)进行生物消毒。
随着生物科技的发展，具有生态环保作用的生物消毒技术在进行水消毒的过程中也被广泛的应用。在自然环境中有一部分生物分泌出的物质既能够杀菌消毒同时还能起到环保的作用。人们很早就发现了这一现象并且很早就利用这些生物以及他们的代谢产物进行消毒，从而形成了生物消毒法。那么传统的生物消毒方法是直接的运用生物个体进行消毒，其过程比较缓慢，消毒的效果也不是十分确定，消毒率低，其应用不能达到规模化的水准，同时也不能满足现代水处理消毒的要求。但是之后人们从生物体中提取出了具有消毒作用的活性物质，便使得生物消毒技术能够大规模的运用在市政水处理消毒上面，其前景比较广阔；
b)运用光催化进行消毒。
运用光催化消毒的原理：因为当光照射在光的催化剂表面上时，就会生成空穴和电子，电子又具有氧化还原的能力，与空气中的水反应生成过氧化氢。而空穴和水反应时，又会生成一种活性氧。那么细菌一旦接触到了经过光催化后的水的表面，就会在氧化还原的作用下被杀灭；
c)运用电场进行消毒。
电场消毒有三种具有消毒作用的因素，一种就是在水通过电场的时候所产生的一些强氧化剂；另一种是水本身产生了一种氧化性非常强的但是存在时间非常短暂的自由基；还有就是电场的本身对细菌的细胞具有的破坏作用。电场消毒这三种消毒因素的存在使得消毒整个过程都变得快速简单。